يُقسم المشروع إلى مساحات خضراء تضمّ 12 بستانًا وبيتًا زجاجيًّا، لزراعة النباتات التي ورد ذكرها في القرآن الكريم والتي يبلغ عددها 51 نوعًا، منها: الموز، الرمان، الزيتون، البطيخ، العنب، التين، الثوم، الكراث، البصل، الذرة، العدس، القمح، الكمّون، الزنجبيل، التمور، الريحان، اليقطين، الخيار، وغيرها.
تشمل الحديقة أيضًا العديد من الأكشاك التي تتوزّع في البساتين كافّة، حيث تعرض معلومات عن أنواع النباتات والأشجار المزروعة وفوائد استخداماتها في الغذاء والطب، بالإضافة إلى الآيات القرآنية التي ورد ذكرها فيها.

أقسام الحديقة القرآنية:

1. كهف المعجزات
2. البيت الزجاجي
3. البحيرة
4. البساتين.

كهف المعجزات يشمل كلّ معجزات الأنبياء المذكورة في القرآن الكريم:

• مقدّمة عن معجزات القرآن الكريم
  
• معجزات النبي محمد صلّى الله عليه وسلّم
• معجزات سيّدنا سليمان عليه السلام
• معجزات عيسى عليه السلام
• معجزات موسى عليه السلام
• قصّة عزير عليه السلام
• قصة نبي الله يونس بن متى عليه السلام.
  

البيت الزجاجي:

• بحيرة في وسط البيت الزجاجي
• مناطق لعرض الأشجار
• مناطق لعرض الزهور
• شاشات تفاعليّة لعرض المعلومات عن النباتات.

البحيرة وهي تجسّد معجزة عصا موسى - الثعبان:

• من جملة المعجزات التي أيّد الله عزّ وجلّ بها نبيَّه ورسولَه موسى عليه السلام معجزة الثعبان، حيث كان عليه السلام يلقي عصاه بأمر من الله، فتتحوّل بقدرة الله وحده إلى ثعبان عظيم، آيةً على صدقه، ليظهر حق النبوّة والرسالة على المعاندين، وتنقطع حجّة الجاحدين والمكذّبين.
• وقد أمر الله عزّ وجلّ نبيَّه موسى عليه السلام بأن يذهب إلى فرعون وملئه، ويبلغهم رسالته، ويذكّرهم بربوبيته، ويدعوهم إلى التوحيد الخالص، ويبشّرهم بالجنة والثواب إذا آمنوا، وبالنار والعقاب إذا جحدوا واستكبروا. فلما جاء موسى عليه السلام، بلَّغهم رسالة الله سبحانه ودعاهم إلى توحيد الله.

البساتين:

• تتضمّن الحديقة القرآنية 12 بستانًا يعرض أكثر من 12 نوعًا من أنواع النباتات. وتتوزّع البساتين كالآتي: